Molto probabilmente la fondazione della Confraternita trae le sue origini dall'evoluzione di quella che fu la Compagnia di San Francesco, composta da laici e sacerdoti, nata nel 1581 mentre era Arcivescovo a Palermo Cesare Marullo.
Questa ipotesi può trovare fondamento nel fatto che già nel 1732 (sette anni prima della fondazione) Placido Carini realizza le maniche d'argento della Statua del Santo Padre, che fu ultimata nel 1738 come fa fede il marchio consolare con la data 738 apposto sull'opera.
La Confraternita ebbe approvati i suoi capitoli nello stesso 1739, essi furono successivamente riformati nel 1828 sotto il regno di Francesco I di Borbone per essere poi adeguati ed aggiornati fino ad oggi secondo le nuove disposizioni in materia del Centro Diocesano per le Confraternite.
Segno di distinzione dei Confrati è l'abitino nero recante al centro del petto una placca di metallo con la scritta CHARITAS e un cordone anch'esso nero cinto alla vita.
Degli arredamenti della Confraternita fanno parte tra l'altro oltre alla Statua d'argento del Santo a grandezza naturale anche due statue pellegrine ed alcune suppellettili liturgiche.
Durante i festeggiamenti in onore di San Francesco di Paola la Statua viene portata in processione e questo ha fatto aumentare il numero di devoti del Santo di anno in anno, all'inizio del XVII secolo i festeggiamenti si ripetevano per tre domeniche, nel XVIII secolo si portarono a due e così fino al 1969 quando per disposizione dell'Autorità Diocesana fu ridotta ad una sola.
Più di una volta nei periodi di carestia il Santo è stato portato in processione perché intercedesse per far piovere, da ciò il modo di dire “Acqua ru Santu Patri”.
Solitamente i festeggiamenti iniziavano la seconda domenica di Pasqua, il Simulacro veniva portato in processione fino alla cattedrale dove rimaneva otto giorni, la terza domenica di Pasqua con solenne processione il fercolo veniva condotto dai confrati e da alcuni marinai dalla cattedrale fino al porto dove veniva accolto da un picchetto di marinai in divisa da parata per poi fare rientro nella Chiesa di San Francesco di Paola.
Oggi i festeggiamenti si usano fare la seconda domenica di maggio, caratteristica principale della processione è l'entrata al porto cittadino salutata dal suono delle sirene delle navi ormeggiate in onore del Santo proclamato Celeste Patrono della Gente di Mare il 27-3-1943 da Papa Pio XII con Breve « Quod Sanctorum Patronatus».
Nell'anno 2007 , in via del tutto eccezionale, è stato concesso lo svolgimento di due processioni nell'occasione dei solenni festeggiamenti di San Francesco di Paola nel V° Centenario del Beato Transito.
Il 6 maggio la Statua del Santo e' stata portata in Cattedrale quale Compatrono della città di Palermo dopo Santa Rosalia, nell'occasione la Santa Messa e' stata celebrata da Sua Ecc. Rev. Ma Mons. Paolo Romeo, Arcivescovo di Palermo. Mentre il 13 maggio si e' svolta la classica processione per le vie cittadine e al Porto con il consueto omaggio floreale.